Na stropie nawy głównej namalował Petri trzy wielkie sceny: 1. Pierwsze kazanie św. Piotra i Zesłanie Ducha Świętego 2. Symbole sakramentów świętych adorujących Najświętszy Sakrament 3. Apostołów modlących się z Maryją w Wieczerniku Na arkadach wydzielających nawy boczne umieścił najpiękniejsze sceny z życia Maryi: 1. Narodzenie NMP 2. Zwiastowanie 3. Nawiedzenie św. Elżbiety 4. Boże Narodzenie 5. Pokłon Pasterzy 6. Ofiarowanie Pana Jezusa 7. Obrzezanie Dziecięcia Jezus 8. Znalezienie Pana Jezusa w Jerozolimskiej światyni Od zachodu, w pobliżu wejścia do nawy głównej, po stronie północnej, widnieje wizerunek Michała Archanioła zwyciężającego lucyfera, po przeciwnej Anioł Stróż wprowadzający człowieka do kościoła. Chociaż Jan Jerzy Petri nie należał do grona wybitnych twórców polskiego baroku, jego monumentalne dzieło w kościele pierańskim, od lat zachwyca pielgrzymów, którzy przekraczając progi sanktuarium, odczuwają w swym sercu, iż jest to prawdziwie dom Boży, wyobrażenie nieba na ziemi i wrota raju.

Wnętrze świątyni ozdobione jest, jak głosi napis za głównym ołtarzem, polichromiami toruńskiego mistrza Jana Jerzego Petriego, który jest autorem fresków w pustelni kamedułów w podkonińskim Biniszewie. Mecenasem hojnie wspierającym budowę i wykonanie polichromii był monarcha wygnaniec Stanisław Leszczyński, który w ten sposób odwdzięczył się plebanowi Piotrowi Marcinowi Grobelskiemu za ukrywanie go przed pościgiem wrogów. Po plebanie budowniczym pierańskiej świątyni pozostał obelisk nagrobny nieopodal kościoła, a po królu Leszczyńskim przejmujące mistyką, kolorem i pięknem polichromie Petriego, odnowione przez artystę plastyka z Gniewkowa Henryka Jaguszewskiego w 1894 roku.

Główną sceną na sklepieniu prezbiterium jest koronacja Matki Bożej na Królową nieba i Ziemi, przez Trzy Boskie Osoby. Maryja - Królowa spuszcza deszcz róż na apostołów i uczniów Pańskich, którzy ze zdziwieniem malującym się na twarzach zaglądają do Jej pustego grobu. Scena ta jest tak wymowna i piękna, że król poetów Kujaw Jan Kasprowicz, który przybył do Pierańskiej Pani w uroczystość Matki Bożej Gromnicznej w 1878 roku, po powrocie do domu /do podinowrocławskiego Szymborza/ swoje przeżycia przelał na papier w postaci pięknego "Hymnu ku czci Matki Bożej":

"...Oto na ciemnym sklepieniu
Poranna jutrznia wschodzi
I blaskiem mile świeci
Pod skronią ziemskich dzieci,
Będących jeszcze w uśpieniu...
Oto śliczna zorza wstaje,
Co z siebie słońce wydaje,
Co słońce rodzi...
Witaj jutrznio ! Witaj zorzo !
Witaj Słońca Rodzicielko !

Tutaj przed Tobą się korzą
I króle i wodze i pany
Bo Panią, Maryjoś wielką
I owoc z Ciebie wydany
Najdroższy z wszystkich nasieni...
Lud tu stojąc z gromnicą
Wielbi Cię, sławi Dziewicą
Ze wszystkich Dziewic wybraną,
Czystą, Niepokalaną!..."

Na połączeniu sklepienia ze ścianą nośną z jednej i drugiej strony prezbiterium, Petri wyczarował swym pędzlem obraz muzyków kapeli pierańskiej założonej przez Pawła Terleckiego w I połowie XVIII wieku. Kapela pierańska była zjawiskiem wyjątkowym w dziejach parafii Pieranie. Mimo, że powstała w małej wiosce na Kujawach, posiadała tak wysoki poziom artystyczny, iż swymi występami uświetniała zgromadzenia generalne kapituły kruszwickiej, a spośród jej członków rekrutowało się wielu muzyków kapeli katedralnej w Gnieźnie i Włocławku.

Z powodu braku funduszy przestała istnieć w 1763 roku, a jak zapewniają mieszkańcy okolicznych wsi, kto sam najdzie się w nocy Dnia Zadusznego w świątyni, usłyszy przepiękne nieszpory, arie, litanie i koncerty w jej wykonaniu. Na ścianach prezbiterium Petri zamieścił ciekawe medaliony, ukazujące cuda za przyczyną Łaskawej Pani i widok krytego dachówką kościoła pierańskiego z dwoma wieżami.